In verband met de vrees dat Betondorp bij een confrontatie tussen de inmiddels in Normandië gelande geallieerden en de Amsterdam verdedigende Duitse troepen van de belangrijkste voorzieningen en ook voedsel zal worden afgesneden, wordt in 1944 binnen Betondorp door een situationeel Noodcomité Tuindorp Watergraafsmeer overlegd over maatregelen om dat eventuele leed te verzachten. Er wordt onder andere gesproken over de noodzaak tot inrichten van een noodziekenhuis op het Zuivelplein, het treffen van bijzondere voedselvoorzieningen, het oprichten van een technische dienst voor onder andere dijkbescherming, een veterinaire dienst en een bewakingsdienst. Zo’n 500 Betondorpers geven zich bij het comité op om mee te helpen. De saamhorigheid is groot.
Een en ander gaat in overleg met de Gemeente Amsterdam en de na de Februaristaking door het nationaalsocialistisch bewind aangewezen burgemeester Edward Voûte. Besloten wordt een vertegenwoordiger van de Gemeente aan te wijzen om de beschermingsactiviteiten zoals hierboven genoemd te leiden en verder vorm te geven. Hiertoe wordt arts J.H. Wagenaar, woonachtig op Middenweg 162, aangewezen, die ook al functioneert als voorzitter van het Noodcomité. De buurman van Wagenaar van Middenweg 160, J.F. Becker, wordt conform zijn positie in het Noodcomité als vervanger aangewezen.
Alhoewel de term ‘burgemeester’ voor Wagenaar niet genoemd wordt, wordt hij al gauw in zijn functie als plaatsvervangend vertegenwoordiger van Voûte ‘burgemeester van Betondorp’ genoemd. Wagenaar mag, indien het dorp door oorlogshandelingen geïsoleerd komt te liggen, namens Voûte de belangen van de bevolking behartigen bij het bezettend troependeel, leidinggeven aan de hulpverlening aan gewonden, de burgerlijke stand provisorisch bijhouden, begrafenissen regelen en zelfstandig hulp verlenen bij luchtaanvallen.
Al gauw wordt duidelijk dat de door de nationaalsocialisten gevreesde snelle doorbraak van de geallieerden (‘Dolle Dinsdag’) niet tot stand komt. Wel volgt op de aanstelling van Wagenaar de hongerwinter, waarin het Noodcomité door coördinerende werkzaamheden zich zeer nuttig weet te maken. Betondorp telt eind 1944 nog 1.200 kinderen, die weliswaar gevoed worden door de Gemeente Amsterdam, maar toch door honger dreigen om te komen. Wagenaar organiseert transporten van deze kinderen naar Friesland, waar hij relaties heeft.
Per 19 januari 1945 wordt Wagenaar weer eervol ontslagen van zijn waarnemend ‘burgemeester’-schap. Vanuit zijn voorzitterschap van het Noodcomité zet hij zijn werkzaamheden voort. Ook na de oorlog blijft arts Wagenaar nog geruime tijd betrokken bij sociale activiteiten in Betondorp. In 1946 verschijnt zijn boek Een jaar Noodcomité.